مصطفی ملکیان در ۱۲  خرداد ۱۳۳۵ در شهرضا، از شهرهای استان اصفهان، به دنیا آمد. دوره‌یِ دبستان و بخش اعظم دوره‌یِ دبیرستان را در زادگاه خود طی کرد و پس از اخذ دیپلم ریاضی در تهران، تحت تأثیر توصیه‌یِ پدر و‌ مادر و فشار برخی خویشان ابتدا به رشته‌های فنی-مهندسی روی آورد و تحصیلات دانشگاهی خود را از سال ۱۳۵۲ در رشته‌یِ مهندسی مکانیک در دانشکده‌یِ فنی دانشگاه تبریز آغاز کرد. اما پس از دو سال تحصیل در این رشته به این نتیجه رسید که درست نیست شکافی میان رشته‌یِ تحصیلی‌اش و رشته‌هایی که دلش در گرو آنها بود، ‌یعنی علوم انسانی، وجود داشته باشد. لذا از تحصیل انصراف داد و مجدداً در کنکور شرکت کرد و با رتبه‌یِ اول در رشته‌یِ فلسفه‌یِ اسلامی در دانشگاه تهران پذیرفته شد و تحصیل را آغاز کرد. کلاسهای مرتضی مطهری را جزو معدود کلاسهای قابل استفاده در آن رشته ‌یافت. در کلاسهای مهرداد بهار و عبدالحسین زرین‌کوب نیز بطور مستمع آزاد شرکت میکرد و بسیار علاقه‌مند و شیفته‌یِ آنان بود. به منزل مرحوم امیرحسین ‌یزدگردی نیز، که استاد زبان و ادبیات فارسی شان بود، دائما رفت و آمد داشت و در تحقیقات علمی دستیار ایشان بود. در اواخر دوره‌یِ کارشناسی، زمانی که فقط ‌یک‌ ترم از تحصیلش باقی مانده بود، رژیم شاه به دلیل در دست داشتن آثار دکتر علی شریعتی او را دستگیر و چند روز زندانی کرد و به دنبال آن از ادامه تحصیل در دانشگاه محروم شد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی به دانشگاه بازگشت و در تیرماه 13۵۸ فارغ التحصیل شد. در همان تیرماه ۵۸ با خانم سیمین صالح ازدواج کرد و در همان سال به منظور تحصیل در علوم اسلامی عموما، و فلسفه و عرفان اسلامی خصوصا، به حوزه‌یِ علمیه‌یِ قم رفت. همچنین با اصرار دکتر مفتّح، رئیس وقت دانشگاه تهران، در مقطع کارشناسی ارشد رشته‌یِ فلسفه ادامه‌یِ تحصیل داد. اما در اواخر تحصیل در مقطع ارشد به دلایلی از تحصیلات آکادمیک صرف نظر کرد و به مطالعه‌یِ شخصی و تحصیلات حوزوی ادامه داد. زبان و ادبیات عرب را از قبل آموخته بود. در قم فلسفه‌یِ اسلامی، عرفان اسلامی، اصول فقه، و فقه را تا مرحله‌یِ تخصّصی ادامه داد؛ اما با گذشت زمان به فلسفه‌یِ غرب بیشتر و بیشتر گرایش پیدا میکرد و در کنار دروس متعارف حوزه، به طور خودآموز به مطالعه‌یِ فلسفه‌یِ غرب میپرداخت. علاوه بر آن، تدریس بعضی درسهایی را که خارج از نظام متعارف حوزه بود، مثل زبان انگلیسی، برعهده گرفت. مدت ۱۸ سال ،‌یعنی از سال ۵۸ تا سال ۷۶، در قم سکنی گزید. البته در این فاصله‌یِ زمانی به تهران نیز رفت و آمد داشت و از سال ۱۳۶۵ به تدریس در دانشکده‌یِ الاهیات و معارف اسلامی داتشگاه تهران و تدریس در دانشگاه امام صادق نیز پرداخت. تقریبا همزمان با آن به دانشگاه تربیت مدرس برای تدریس دروس دوره‌یِ فوق‌لیسانس دعوت شد و باز هم همزمان با آن به دانشگاه صنعتی شریف دعوت شد. به این ترتیب در چهار دانشگاه، در‌ یکی به صورت مستقر و در سه تای دیگر بعنوان استاد مدعو و مهمان تدریس میکرد. از سال ۷۶ به تهران بازگشت. البته باز هم با قم بی ارتباط نبود؛ از جمله، در عین اینکه در دانشگاه مفید قم هیچ‌وقت تدریس نکرده بود عضو هیات تصویب رساله‌های این دانشگاه بود. همچنین سالها در مرکز تربیت مدرس حوزه‌یِ علمیه‌یِ قم، که به دانشگاه قم وابسته بود، تدریس میکرد و با مؤسسه‌یِ آموزشی امام خمینی هم همکاری داشت و مشاور ارشد پژوهشکده‌یِ فلسفه و کلام اسلامی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه‌یِ اسلامی نیز بود. از سال ۱۳۸۸ فعالیت وی به تدریس در مؤسسات غیر دولتی محدود شد.

آثار تألیفی

۱۳۸۱. راهی به رهایی: جستارهایی در باب عقلانیت و معنویت. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۱. سنت و سکولاریسم. (به‌همراه عبدالکریم سروش، محمد مجتهدشبستری و محسن کدیور). تهران: انتشارات مؤسسۀ فرهنگی صراط

۱۳۸۲. در رهگذار باد و نگهبان لاله. ۲جلدی. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۵. مشتاقی و مهجوری: گفت‌وگو در باب فرهنگ و سیاست. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۹. تقدیر ما تدبیر ما. (به‌همراه سعید حجاریان). تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۹. حدیث آرزومندی: جستارهایی در عقلانیت و معنویت. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۹۷. زمین از دریچه آسمان. تهران: مؤسسه فرهنگی سروش مولانا: انتشارات دوستان

۱۳۹۹. عمر دوباره: درس‌گفتارهایی در باب اخلاق کاربستی. تهران: نشر شور: مؤسسۀ فرهنگی فرزانه

ترجمه‌ها

۱۳۷۸. لودویگ ویتگنشتاین: ربط فلسفۀ او به باور دینی/ نوشته دابلیو دانالد هادسون. ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: نشر گروس

۱۳۸۱. سیری در سپهر جان: مقالات و مقولاتی در معنویت. گردآوردی و ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۱. نگاهی به فلسفۀ اخلاق در سدۀ بیستم/ نوشته استیون داروال، آلن گیبارد و پیتر ریلتن. ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: دفتر پژوهش و نشر سهروردی

۱۳۸۲. گابریل مارسل/ نوشته سم کین. ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۵. مهر ماندگار: مقالاتی در اخلاق‌شناسی. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۳۸۸. تنوع دین در روزگار ما: دیداری دوباره با ویلیام جیمز/ نوشته چارلز تیلور. ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: نشر شور

۱۳۹۵. پرسش‌های کشنده/نوشته تامس نیگل. ترجمه مصطفی ملکیان و جواد حیدری. تهران: انتشارات نگاه معاصر

۱۴۰۰. روح اسپینوزا: شفای جان. نوشته نیل گراسمن. ترجمه مصطفی ملکیان. تهران: انتشارات دوستان؛ مؤسسه فرهنگی فرزانه